I Mexico betyder Sicario hitman... I det vidtstrakte, lovløse græseområde mellem USA og Mexico slutter den unge idealistiske FBI agent, Kate Macy (Emily Blunt), sig til Matt (Josh Brolin) i regeringens elite taskforce for at deltage i kampen mod de mexicanske narkokarteller. Den lille specialgruppe, der ledes af den karismatiske, men hemmelighedsfulde Alejandro (Benicio Del Toro), begiver sig entusiastisk ud på deres hemmelige undercover opgave. Men det varer ikke længe før det går op for Kate, at hun er nødt til at lægge alle sine hidtidige etiske og moralske værdier bag sig, hvis hun vil gøre sig nogen forhåbninger om at overleve…