I år 1633 bliver den katolske kirke og især jesuiterordenen ramt af en rystende nyhed. Efter års forfølgelser at kristne japanere og de få missionærer, der har overlevet under jorden har Christovão Ferreira, leder af jesuitterne i Japan, afsvoret sin tro, konverteret tilbuddhismen og samarbejder nu med shogunen. To af Ferreiras gamle elever påtager sig med livet som indsats at opsøge deres læremester og måske redde troen i Japan. Efter en farefuld rejse finder Rodrigues og Garupe ganske vist en kristen landsby, hvor de kan forrette de gudstjenester, som folkene der længe har savnet. Men snart bliver deres skjulested afsløret og samuraier overfalder landsbyen. Skønt de kanfå hjælp at de lokale tilhængere varer det ikke længe før de er fanget og Rodrigues må se både landsbyboere og hans gamle ven lide en pinefuld død. Og alligevel kan han tro – tro på sin mission og muligheden for at finde Fader Ferreira.I mere end 25 år har Martin Scorsese drømt om at filmatisere Shusaku Endos roman ”Silence” – en fortælling om tro og tvivl, der udspiller sig i det for hovedpersonerne fremmedartede og uforståelige Japan i midten af 1600-tallet. Som de to unge præster ses Andrew Garfield og Adam Driver, mens Liam Neeson udfylder rollen som den frafaldne Fader Ferreira.